Il MAN apre al pubblico nel 1999 all’interno di un edificio degli anni venti, già sede dell’Istituzione provinciale, situato tra le arterie del centro storico di Nuoro. Fino al 2003 è inserito come ufficio all’interno del settore cultura dell’amministrazione provinciale. Il primo nucleo della collezione nasce dall’accorpamento di alcune raccolte pubbliche (Provincia, Comune, Ente provinciale per il turismo, Camera di commercio). L’idea di una pinacoteca provinciale trova presto sviluppo in un progetto museale. La collezione si arricchisce di nuove acquisizioni e l’attività si estende al contesto territoriale. Nel 2004 il museo acquisisce autonomia gestionale, strutturandosi come Istituzione senza personalità giuridica, ed entra a fare parte di Amaci, l’Associazione nazionale dei musei d’arte contemporanea.
La collezione del MAN annovera dipinti di autori della storia dell’arte sarda, tra i quali Edina Altara, Antonio Ballero, Giuseppe Biasi, Francesco Ciusa, Mario Delitala, Carmelo Floris, Maria Lai, Mauro Manca, Costantino Nivola, Salvatore Fancello e Giovanni Pintori.