Il Museo nasce nel 1823 ad opera di Carmine Fontò che donò i suoi libri alla città. A queste prime donazioni se ne aggiunsero altre da parte di conventi . Dopo alcuni anni il Museo venne affidato al naturalista, scienziato e docente Emanuele Barba che istituì un “Gabinetto zoologico”.[2] Oggi nel museo sono presenti collezioni di armi, abiti, fossili. È esposta inoltre la collezione del pittore gallipolino Giovanni Andrea Coppola. Il museo comprende reperti archeologici, sarcofagi e vasi messapici con iscrizioni; ritratti di personaggi illustri di Gallipoli; una raccolta numismatica. Nel 2010 dopo più di dieci anni, riaprì la sezione del museo dedicata alle patologie fetali ed animali, raccolta dallo scienziato, filosofo e docente gallipolino Emanuele Barba con l’intento di studiare delle malattie genetiche come la sindrome di Down[3].
Molto ricca è la collezione di armi rinascimentali e di archibugi (un’antica arma da fuoco portatile), quella che contiene più di cinquecento reperti rinvenuti nell’antica necropoli della vicina Alezio oltre a dei sarcofagi.
Si compone di tre distinte sezioni: il museo stesso, la biblioteca comunale “Ex Sant’Angelo” (presso l’ex chiesa confraternale di Sant’Angelo) e la Sala Collezione Coppola che contiene 20 preziose tele dell’insigne pittore gallipolino Giovanni Andrea Coppola. Il museo è sito in via Antonietta De Pace, la via centrale della città, in un antico palazzo del 1800. È da intendersi tuttavia, l’esempio più straordinario di museo positivista che raccoglie pezzi storici di ogni tipo e genere; nacque in pieno Positivismo, movimento originatosi in Francia nel XIX secolo.