Le origini del complesso risalgono al 1478 quando i religiosi dell’Ordine dei frati minori osservanti si insediarono nel territorio restaurando un preesistente edificio francescano già presente almeno dal 1343, e grazie alla volontà e alla munificenza della contessa Giovanna Ximenes de Cabrera che finanziò l’opera, al fine di celebrarvi, nel gennaio del 1481, le nozze della propria figlia Anna con Fadrique Enrìquez, primo cugino del Re di Spagna Ferdinando il Cattolico.
Nel 600′ il complesso subì i danni dei terremoti del 1613 e del 1693 che determinarono interventi e modifiche allo stesso.
Fino alla fine del seicento il complesso fu un importante luogo culturale, sede di studi di filosofia, teologia e di scrittura sacra; ospitò molti personaggi illustri dell spiritualità, tra i quali Placido Carrafa.
Successivamente all’Unità d’Italia, nel 1866, le strutture furono espropriate alla chiesa e il complesso venne adibito a carcere fino ai primi anni 90′ quando venne avviato il progetto di restauro [2].
A settembre 2010 la locale Soprintendenza ai Beni Culturali e Ambientali ha annunciato la conclusione dei lavori di restauro, mentre la storica riapertura al pubblico, dopo 146 anni di inaccessibilità, si è avuta il 20 aprile 2011, tramite l’ingresso principale della chiesa, essendo stato reso autonomo l’accesso alla struttura penitenziaria.
Dall’agosto 2016 la chiesa e il relativo chiostro sono nuovamente fruibili e aperti al pubblico.[3]