La prima chiesa dedicata a San Sebastiano fu costruita probabilmente nella seconda metà del XV secolo nello stesso sito dove già esisteva la chiesa di San Rocco, edificata dopo il 1414 e subito abbandonata. Al 1 maggio 1414 risale il ritrovamento del simulacro di San Sebastiano presso la penisola di Magnisi.[2][3] In un contesto storico caratterizzato da numerosi casi di peste, l’evento determina la deposizione del primitivo patrono intercessore San Rocco, invocato dagli appestati, e la dedicazione, con conseguente intronizzazione, di San Sebastiano, martire invocato per la prevenzione dei contagi infettivi.
Le scosse sismiche del 9 e 11 gennaio 1693, altrimenti noto come terremoto del Val di Noto, radono al suolo il primitivo monumento e cancellano, con la distruzione degli archivi, gran parte della memoria storica di una estesa area della Sicilia sud – orientale.
Giuseppe Amorelli, vescovo di Siracusa, consacra basilica la chiesa di San Sebastiano.
La città è suddivisa in contrade cui fanno capo altrettante chiese (dedicate rispettivamente a San Paolo, San Sebastiano, San Michele, Sant’Antonio). La chiesa di San Paolo aveva supremazia su tutte.
In un contesto cittadino caratterizzato da ataviche rivalità campanilistiche tra fazioni di devoti di San Sebastiano o San Paolo (dualità estese ai relativi quartieri),[5] il tempio è elevato a parrocchia.[6]
Le reciproche scaramucce e dispetti tra sammastianisi e sampaulisi, per sanguigne passioni e viscerale attaccamento alle tradizioni, assumono dimensioni tali da costituire oggetto d’analisi da parte dell’antropologo Giuseppe Pitrè.
Una monumentale scalinata costruita nel 1877 (due rampe per un totale di 25 gradini) raccorda il piano stradale con il ballatoio – balconata su cui insistono i portali d’accesso alla basilica. La maestosa facciata barocca, realizzata in pietra giuggiolona, è ripartita su tre ordini divisi in tre corpi delimitati da lesene binate, un unico corpo centrale costituisce il terzo livello. Elaborati cornicioni e marcapiano dalle ricche modanature separano i livelli, ringhiere in ferro battuto proteggono i rispettivi camminamenti.
I portali laterali sono delimitati da colonne scanalate sormontate da capitelli corinzi sormontati da timpani sovrapposti ad arco spezzato. Architravi con decorazioni fitomorfi e testa di putto intermedia ornano la cornice dei due ingressi. Finestre cieche con cornici mistilinee o occhialoni a cartiglio, (perimetro equivalente all’intersezione di un’ellisse e un rettangolo), sormontano i varchi d’accesso laterali. Il portale centrale presenta una coppia di leoni in pietra bianca scolpiti da Mario Diamanti, ideatore e realizzatore dell’intero prospetto, decorazioni in rilievo abbelliscono gli alti plinti delle colonne binate che presentano la parte inferiore del fusto arabescata. L’arco a tutto sesto dell’ingresso mostra putti nei pennacchi, architrave con motivi floreali sormontato da timpani sovrapposti spezzati. Costituisce vano intermedio la nicchia contenente la statua raffigurante San Sebastiano Martire.
Il secondo ordine delimitato da pilastri acroteriali (le statue d’abbellimento non furono mai realizzate), comprende grandi volute a vela di raccordo, alla base volute a ricciolo e controvolute. Il corpo centrale è occupato da un timpano che ricalca lo stile e l’architettura del manufatto simile posto al primo livello. Nell’edicola è collocato il quadrante di un orologio elettrico andato a rimpiazzare l’orologio meccanico installato per la prima volta nel 1885. Il terzo ordine è costituito da un solo corpo centrale delimitato da pilastri acroteriali con cuspidi ad obelisco (piramidali), comprende vele con volute a ricciolo di raccordo e una monofora intermedia con funzioni di cella o loggia campanaria. Chiude la prospettiva un’incastellatura in ferro battuto posta a quota 42 metri sul livello della piazza, ove svetta u palieddu, una banderuola segnavento con foggia di bandiera.
Controfacciata: cantoria e organo addossati al manufatto e sospesi sul portale, La struttura presenta una raffinata decorazione in stucco.
Impianto a croce latina ripartito in tre navate separate da quattro pilastri per lato con semicolonne sorreggenti cinque arcate. La navata centrale e quella destra si concludono con absidi circolari. La volta della navata presenta un apparato pittorico con scene raffiguranti Martirio di San Sebastiano con nugolo di frecce, San Sebastiano processato da Diocleziano, Gloria Celeste di San Sebastiano Martire Cristiano. Il perimetro della navata e del presbiterio è contraddistinto da un elaborato cornicione delimitato da un’artistica inferriata in ferro battuto smaltato.