La successiva presenza di popolazioni di cultura bizantina è attestata dai diversi abitati nonché dai piccoli villaggi scavati nella roccia:
- S. Micidiario, nei pressi dell’ingresso di Filiporto in cui è ancora visibile un fossato del IX-VIII sec a.C. con tracce di fortificazioni di epoca bizantina, vi è un villaggio di circa 150 abitazioni con la chiesetta di S. Micidiario sull’orlo di un baratro. All’interno sono ancora visibili deboli tracce di affreschi e iscrizioni murarie in pessime condizioni di leggibilità. Si riconosce però la figura del Pantocratore fiancheggiato da due angeli e un’altra figura, forse un San Mercurio a causa di una scritta in greco Ο ΑΓΙΟΧ ΜΕΡΚ [ΟΥΡΙΟΧ]. Gli strati di affresco degli interni sembrano due, quello inferiore rossastro e quello superiore turchino. Il soffitto ha un’interessante forma a doppio spiovente.[11] Dall’oratorio si accede a destra ad una seconda stanza con delle tombe a pavimento mentre il secondo ambiente potrebbe essere stato utilizzato come abitazione del religioso[16] o come prigione e persono ricovero degli animali perché presenti degli anelli in pietra ove era possibile legare qualcosa. Il buco inferiore che guarda al dirupo potrebbe essere un antico gabinetto.
- S. Nicolicchio, ai piedi dell’Anaktoron vi è un piccolo villaggio il cui centro è l’oratorio di S. Nicolicchio, anch’esso decorato da tracce di affresco molto rovinato. Tuttavia si riconoscono Sant’Elena e Santo Stefano. La datazione sembra essere del VII secolo.
- Grotta del Crocifisso, usata come chiesa mostra un’abside rettangolare con resti di una crocifissione nonché la rappresentazione di San Nicola e una Santa anonima la cui rappresentazione è stata staccata e custodita presso il Paolo Orsi.[16]
- Il villaggio della Cavetta, con gruppi di abitazioni troglodite.
- Grotta dei pipistrelli, si tratta di una delle tante cavità naturali presenti all’interno di una delle vallate, accanto al fiume Calcinara. La particolarità di questa grande cavità risiede nel fatto che subito dopo l’ingresso, superato un corridoio di 12 m si apre una stanza interna piena di pipistrelli.[17]
- Grotta della Stella si trova vicino all’ingresso lato Cassaro, sulle pareti lungo il fiume Anapo. Nel 2012 un team di studiosi ha eseguito delle misure individuando anche tracce antropiche che fanno supporre un utilizzo come tempio rupestre preistorico.[